Skypen yksityiskeskusteluissa käytetään Signal Protocol -salausprotokollaa, joka salaa Skypen äänipuhelut, lähetetyt tekstiviestit, kuvat sekä ääni- ja videotiedostot. Näiden keskustelujen sisältö piilotetaan keskusteluilmoituksista, jotta jakamasi tiedot pysyvät yksityisenä. Yksityiset keskustelut eivät ole käytettävissä Skype Android 4.0.4 - 5.1:ssä.
Huomautus: yksityiskeskusteluja voi käyttää vain yhdellä laitteella kerrallaan.
Tietoa yksityiskeskustelujen tekniikasta on yksityiskeskusteluja käsittelevässä julkaisussa.