Como sua conta Skype já é uma conta da Microsoft, não é possível mesclar ou desvincular sua conta Skype e Microsoft.
Com a sua conta, você terá acesso para entrar em todos os seus serviços da Microsoft - incluindo Skype, Office Online, Outlook, OneNote, OneDrive, Xbox e muito mais. Quando você entra em um dos serviços do Microsoft, que você pode ser solicitado a adicionar um email. Adicionar um email simplesmente facilita recuperar sua conta acrescentando adicionais de segurança.
Tendo problemas para adicionar um email para sua conta?