Если вы вошел в Skype и получаете мгновенное сообщение, когда окно беседы не открыто, рядом с контактом на боковой панели появится нумовая эмблема. Отображаемая цифра указывает количество непрочитанные сообщения в беседе.
На док-станции на Skype также появится красный Skype. Это количество бесед с непрочитанные сообщения.

Если во время голосового или видеосвязи вы получите новое мгновенное сообщение от участников, на кнопке Чат будет красная эмблема:
Выберите его, чтобы прочитать мгновенное сообщение.
Подробнее об отправке мгновенных сообщений.